Várias interpretações são possíveis, tendo em conta o valor metafórico das águas paradas, que, como águas estagnadas e insalubres, se prestam a identificar-se com situações de perigo escondido. Sugiro duas, que aliás me parecem próximas:

«As situações de impasse (= «águas paradas») podem ser perigosas.»
«Cuidado com a calma ou a indiferença (= «águas paradas»), porque podem ser só aparentes.»

Sobre a relação da água com a saúde no adagiário português, consultar Estilos de Vida e Saúde nos Provérbios da Língua Portuguesa, de Luís Graça (2000).