As frases apresentadas na pergunta incluem um elemento modalizador, o próprio modo das formas verbais que nelas ocorrem.
O valor modal dessas frases está associado ao modo indicativo («era», «tem», «está»), mediante o qual o falante exprime a sua certeza relativamente ao conteúdo da frase que produz. Isto significa que a modalidade também se manifesta numa asserção, mesmo que não ocorra outra marca linguística a não ser o modo verbal. Assim, no caso das asserções, o modo indicativo marca o valor modal de certeza, que é um dos valores compreendidos na modalidade epistémica (o outro que é referido pelo Dicionário Terminológico — DT — é o de probabilidade), sendo parafraseável por «Tenho a certeza de que Ulisses era grego»/«Ela tem 15 anos»/«A caneta está estragada» (cf. DT, B.6.4. Valor modal, Modalidade; ver também M.ª Olga Azeredo et al., Da Comunicação à Expressão — Gramática Prática de Português, Lisboa, Lisboa Editora, 2011, pp. 311/312, e Cristina Serôdio et al., Nova Gramática Didática de Português, Lisboa, Santillana-Constância, 2011, p. 232).
Quanto à modalidade alética, há de a consulente reparar que a pergunta e a resposta em questão sugerem um contexto universitário, em que se exige um grau de aprofundamento das matérias que o DT, destinado aos ensinos básico e secundário de Portugal, não tem de abranger (muito embora possa lançar pistas para ulterior pesquisa). Além disso, ao que sei, o termo modalidade alética não faz parte dos programas de Português do ensino básico e secundário, pelo que não vejo necessidade de o abordar nas aulas desses níveis. Mas, caso a consulente pretenda saber um pouco mais sobre este tema, poderá começar por consultar o artigo sobre modalidade alética, incluído no Dicionário de Termos Linguísticos (organizado por M.ª Francisca Xavier e M.ª Helena Mira Mateus), bem como o que se encontra na 4.ª edição de A Dictionary of Linguistics and Phonetics (Oxford, Blackwell Publishers, 1997), do conhecido linguista britânico David Crystal.
Quanto à classificação modal de enunciados em que se emitem opiniões, verifica-se que as gramáticas escolares atrás indicadas propõem uma tipologia que abrange, além da modalidade epistémica e da modalidade deôntica (ver Textos Relacionados), a modalidade apreciativa. Assinale-se que o DT não inclui o termo modalidade apreciativa, nem como entrada nem como termo ocorrente em verbete. Cabe ainda referir que, na análise semântica de «Duvido que estejas certo!», tem mais pertinência a modalidade epistémica, já que o locutor tem uma atitude de incerteza em relação ao conteúdo de uma asserção segundo a qual alguém está certo (parafraseável por «sobre saber se X está certo, não tenho a certeza»).
Para uma compreensão da modalidade em português, leia-se um artigo de síntese de Janete dos Santos Bessa Neves ("Estudos da modalidade: as tipologias de Campos", Cadernos WGT Ler Campos, 2009, págs. 31-36) a respeito dos estudos sobre modalidade da linguista portuguesa Maria Henriqueta Costa Campos.
