O nome mobilização rege um sintagma nominal introduzido pela preposição de, no exemplo em questão, o sintagma nominal «Instrumento de Solidariedade». A questão que a consulente coloca não tem propriamente que ver com a regência de mobilização. Em relação às preposições por e em, ambas podem ocorrer a anteceder o substantivo montante. No entanto, o significado não é exactamente o mesmo. Se se usar a preposição por, referimo-nos a dinheiro, que é exterior ao Instrumento de Solidariedade; se se usar a preposição em, está-se a referir algum do dinheiro que faz parte do Instrumento de Solidariedade.

Apesar de o contexto que a consulente apresenta não ser completamente claro, parece-me que a frase apresentada pode ser parafraseada por:
«A decisão de mobilização de mais de X milhões de euros do Instrumento de Solidariedade implica uma decisão...»

Se for este o sentido da frase, a preposição mais adequada à estrutura em questão será em, tal como a consulente propõe.