Não encontro dicionarizada a expressão «nem um órgão da Sé». No entanto, ela ocorre em Arca de Noé – III Classe, uma obra do escritor português Aquilino Ribeiro (1885-1963):

«Daí a instantes rebentava um medonho ressonar. Devia ser o cão que passara a noite a correr pela quinta com medo que os larápios lhe fossem à horta ou ao meloal! Nem um órgão da Sé. [...]»

Neste contexto, «nem um órgão da Sé» é interpretável como «nem um órgão da Sé fazia tanto barulho (como o cão que ressonava)» ou como «alguém ressonava tanto que nem um órgão da Sé consegue fazer mais barulho». A expressão é, portanto, usada como hipérbole e constitui um termo de comparação, referente aos sons de grande intensidade produzido por qualquer órgão de uma sé, isto é, de uma «igreja episcopal ou patriarcal; catedral» (Dicionário da Língua Portuguesa da Porto Editora).