Mesmo o Dicionário Eletrônico Houaiss (brasileiro) regista o adjectivo e substantivo (nome) subnutrido, mas remete-nos para subalimentado, provavelmente o vocábulo preferível no Brasil; significa «que não ingeriu ou não ingere a quantidade necessária de nutrientes, encontrando-se, assim, em estado de insuficiência alimentar que, prolongando-se, pode comprometer a saúde e até mesmo acarretar a morte; subnutrido, desnutrido». Na entrada do adjectivo e substantivo (nome) desnutrido, não há remissão, o que quer dizer que, no Brasil, é um termo preferível a subnutrido.
Em Portugal, o Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora, não acolhe subnutrido, mas contempla subnutrição, o que de certo modo legitima o verbo subnutrir (e, naturalmente, subnutrido). Curiosamente, regista desnutrição e desnutrir; e acolhe subalimentação e subalimentar («alimentar com deficiência»).
Assim, subnutrido, desnutrido e subalimentado são vocábulos legítimos, pois, além de bem formados, são relativamente usuais, parecendo-me o último o mais conhecido, em Portugal, entre as camadas populares.