Sobre esta questão, Napoleão Mendes de Almeida no seu Dicionário de Questões Vernáculas diz, na entrada Em baixo, em cima, o seguinte:

«Já vimos, no verbete "de certo", a incongruência do sistema de 43 no grafar tais formas, considerando-as ora advérbios compostos, ora locuções adverbiais. Estamos diante de mais uma, pois enquanto consigna "em cima", em duas, oferece-nos "embaixo" numa só palavra.

«Qual o critério para essa dualidade gráfica? Nenhum, é a resposta, e confirmação disso obtém quem consultar o vocabulário oficial da academia; no verbete "cima", o relator dá as locuções formadas com essa palavra (de cima, em cima, em cima de, para cima, por cima, por cima de etc. - Este "etc." é do vocabulário); no verbete "baixo" o silêncio é completo. Como doutras feitas, o autor se esconde para não ser apanhado em sua leviandade.

«Se temos "por cima" e "por baixo", por que não temos "em baixo" ao lado de "em cima"? E assim: Se temos "de repente", por que não temos "de baixo"?

«O Aulete não dá a forma sintética embaixo, mas no verbete baixo traz "em baixo (loc. adv.)" e dá o exemplo: "Este homem está muito em baixo". Do mesmo proceder é o Laudelino, que só traz a locução em baixo = na parte inferior. (…)

«Não há falar em unidade fonética na grafia "embaixo"; o verbo encimar aí está para provar que o motivo do bifrontismo ortográfico é outro. Também na locução "em pé" existem consoantes homorgânicas e ninguém ainda pensou em grafá-la "empé". (…)»

Perante isto, a sua observação justifica-se plenamente.