A frase correta é a segunda: «ele adquire conhecimentos que o tornam capaz de ...», sendo este que um pronome relativo que estabelece uma relação com o antecedente («conhecimentos»). Tem por isso de concordar com ele.

    Além disso, este pronome introduz uma oração que o caracteriza ou qualifica, designando-se por oração subordinada adjetiva restritiva.

    Vejam-se os seguintes exemplos:

    1. «Os jogadores que terminaram os treinos dirigem-se aos balneários*.»

     A oração assinalada (subordinada adjetiva restritiva) restringe o âmbito do antecedente: só os jogadores que terminaram os treinos é que foram para o balneário*.

     2. «Prefiro quadros que copiam a natureza.»

     3. «Perdi aquele livro que retratava a sociedade atual.»

   Em todos os exemplos apresentados se verifica a concordância do pronome que com o seu antecedente.

* balneário (em Portugal) = vestiário (no Brasil).

[Fontes: Gramática de Português, Vasco Moreira e Hilário Pimenta, Porto Editora +Gramática Prática de Português, M. Olga Azeredo, et al., Raiz Editora.]