Tem razão; o verbo perceber também significa «receber (salário, rendimentos etc.)», e o Dicionário Eletrônico Houaiss até apresenta, como exemplo, a frase «percebia cinco mil reais por mês». Igualmente, o Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora, diz que perceber quer dizer, além de «entender; compreender; ter a percepção (de algo), por meio dos sentidos; ver; ouvir», «receber; cobrar».

Assim, ninguém «pode dizer que não faz sentido» a utilização do verbo nesse contexto; o que se pode afirmar é que tal acepção tem pouco uso, pelo menos em Portugal, e isso é susceptível de dificultar a compreensão do «relatório» junto da maioria dos seus destinatários.

Uma chamada de atenção: a frase tem, afinal, um problema, que é sintáctico. Para que possamos observar, por um lado, a regência de inferior («inferior a») e a da locução «ter direito» («ter direito a»), é preciso que a oração relativa tenha como antecedente o pronome demonstrativo aquele e o pronome relativo seja antecedido pela preposição a: 

«Ora, julga o requerente que esteve a perceber o Suplemento por um valor inferior àquele a que, efectivamente, tem direito.»