Ambas as frases estão corretas, contudo, apresentam sentidos um pouco distintos. 

A forma verbal é, presente na frase «é difícil declarar que ainda é necessário», está na terceira pessoa do singular do presente do indicativo. Por outro lado, a forma verbal seja, presente na frase «é difícil declarar que ainda seja necessário», está na terceira pessoa do singular do presente do conjuntivo. 

Como se pode observar, a única diferença entre estas duas formas verbais é o modo, categoria verbal que normalmente exprime a atitude de quem fala.

O modo indicativo serve para expressar as certezas do enunciador e as ações com existência efetiva na realidade ou que estão prestes a realizar-se. Por esta razão, o que se está a exprimir na frase «é difícil declarar que ainda é necessário» é um valor de certeza. 

Já o modo conjuntivo exprime a incerteza, a dúvida, o desejo pela realização de alguma coisa, a condição, a possibilidade, a eventualidade. Neste sentido, na frase «é difícil declarar que ainda seja necessário» aquilo que se está a exprimir é uma ideia de probabilidade/dúvida.

Note-se ainda que, segundo Rui Marques no volume I da Gramática do Português (Fundação Calouste Gulbenkian), com verbos declarativos que selecionam orações completivas finitas, como é o caso do verbo declarar nas frases apresentadas, o modo preferencial é o indicativo, sendo que o modo conjuntivo também é possível nestes casos, ocorrendo preferencialmente com verbos declarativos negativos, como, por exemplo, desmentir ou negar (páginas 678 e 679). No entanto, na mesma obra, no volume III, Pilar Barbosa, Pedro Santos e Rita Veloso defendem que em orações declarativas o emprego do modo indicativo por oposição ao modo conjuntivo depende de factores como a proposição¹ ser ou não tida como verdadeira e do tipo de atitude veiculada (página 2535). Neste sentido, podemos assumir que enquanto na frase «é difícil declarar que ainda é necessário» assume-se como verdadeira a informação veiculada, na frase «é difícil declarar que ainda seja necessário» não existe certeza e, por isso, recorre-se ao modo conjuntivo. 

1. No âmbito dos estudos linguísticos e da lógica, o termo proposição consiste numa frase que é suscetível de ser declarada como verdadeira ou não. Sobre isto consulte o Dicionário de Termos Linguísticos.