De acordo com o Dicionário Houaiss,  o verbo matar usa-se como intransitivo (1) ou como transitivo direto (2):

(1) «A fome mata.»

(2) «Ele matou os inimigos.»

Por essa razão também em frases como (3), o constituinte «com ferros» é um modificador do verbo, não sendo a preposição com regida/pedida pelo verbo matar:

(3) «Os homens mataram com ferros.»

Podemos igualmente identificar frases nas quais o modificador do verbo matar é introduzido pela preposição de:

(4) «O trabalho matava-os de tédio.»

Assim, no provérbio «Quem com ferros mata com ferros morre», o constituinte «com ferros» desempenho igualmente a função de modificador, não sendo a preposição com pedida pelo verbo. 

Para além destas construções, podemos também assinalar algumas expressões fixas nas quais o verbo matar é acompanhado por um constituinte introduzido pela preposição a:

(5) «matar à fome»

(6) «matar à paulada/à pancada»

Nas frases (5) e (6) também, não estamos perante um caso de regência. Aqui estamos perante frases feitas, de natureza idiomática, que têm um uso fixo.

Perante o que ficou exposto, é preferível manter a estrutura sintática associada no provérbio e dizer /escrever «matou com ferro» e no outro caso «matar à fome».

Disponha sempre!