Divido a questão em quatro perguntas, às quais passo a responder:

1 – Segundo o Handbook of the International Phonetic Association (Cambridge, Cambridge University Press, pág. 128), as oclusivas fricatizadas [β], [ð] e [γ] são variantes de [b], [d] e [g] e ocorrem, em português europeu, em qualquer posição de palavra, excepto no início. Assim, a palavra agrado é pronunciada a[γ]ra[ð]o (utilizei símbolos semelhantes aos símbolos fonéticos, por dificuldades técnicas). Note-se que estes símbolos só são usados numa descrição mais fina; geralmente, empregam-se os símbolos [b], [d], [g] (ver Maria Helena Mira Mateus et alii, 2003, Gramática da Língua Portuguesa, Lisboa, Editorial Caminho, págs. 991-993).

2 – Na descrição do português europeu, o símbolo ɫ representa um som que fecha sílaba, o que tanto se pode verificar em sílaba final de palavra como em sílabas no início ou no meio de palavra; p. ex.: sa[ɫ], a[ɫ]voroço (ou ca[ɫ]ma) e tota[ɫ]mente.

3 – Em Maria Helena Mira Mateus et alii, (Lisboa, Editorial Caminho, 2003, pág. 1000) e Inês Duarte, Gramática da Língua Portuguesa Língua Portuguesa. Instrumentos de Análise (Lisboa, Universidade Aberta, 2000), o r de rato e arrasto corresponde ao símbolo [R] que representa uma consoante vibrante uvular, no português-padrão europeu. Este é, pois, o símbolo normalmente utilizado em obras publicadas em Portugal. No entanto, o Handbook of the International Phonetic Association (1999, pág. 126) usa o símbolo [ʁ], descrevendo esse som como uma consoante fricativa uvular.

4 – O a de alto e árvore é representado pelo símbolo [a] (ver Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea, da Academia das Ciências de Lisboa).