O Vocabulário Ortográfico do Português (Portal da Língua Portuguesa) apresenta efetivamente a transcrição fonética mencionada na pergunta:

Lisboa (não padrão) ˈip.si.lõ

Lisboa (padrão) ˈip.si.lõ

No entanto, não se confirma que seja esta a pronúncia mais generalizada em Portugal. Com efeito, o dicionário da Infopédia transcreve a palavra com consoante nasal alveolar final, ou seja, com um [n] final articulado: [ipsilɔn]. Existirá, portanto, variação, da qual é bem possível que os falantes nem se deem conta. Esta deve-se ao facto de íman e cólon terem oscilações semelhantes em sílaba final, entre vogal nasal e segmento consonântico nasal alveolar (não se exclui que o núcleo vocálico se nasalize): [ˈimɐn]/[ˈi.mɐ̃n ] (e é possível [ˈi.mɐ̃]); [ˈkɔlɔn]/[kˈɔ.lõ].

Neste contexto, torna-se, portanto, difícil identificar a melhor pronúncia, até porque não parece haver doutrina normativa sobre estes casos. Por outras palavras, as pronúncias mencionadas são todas aceitáveis.

Observe-se, por último, que certos gramáticos prescritivistas aconselhavam as formas "ípsilo" e "ipsílon" (cf. Rebelo Gonçalves, Vocabulário da Língua Portuguesa, 1966), mas trata-se de opções que têm uso escasso ou nulo entre falantes de Portugal.