Em xenofobia como ch, e em sintaxe como ss. Qualquer outra pronúncia do x, nestas duas palavras, é aberrante. Em Portugal, só assim é correcto e usual.

Cf.: Cinco erros que estão na moda.

N.E. (18/03/2019)  –À exceção do dicionário Aulete digital, que regista também a pronúncia /cs/ de sintaxe, os demais dicionários de referência para a língua portuguesa atestam apenas a pronúncia com /ss/. É o caso do Dicionário Houaiss, do Grande Dicionário da Língua Portuguesa, do dicionário da Porto Editora, do Michaelis e do Dicionário da Língua Portuguesa da Texto Editora

Sintaxe é palavra atestada, pelo menos, desde 1699 (datação do Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, pelo que se torna provável que foi pela via latina que ela se enraizou em português, com a prolação similar a  próximo e a máximo, por exemplo. Sinta[ss]e é, portanto, a pronúncia tradicional e a que é geralmente recomendada na lexicografia, incluindo os vocabulários ortográficos existentes, tanto nos posteriores ao Acordo Ortográfico de 1990,* como nos anteriores**.

* Vocabulário Ortográfico e Remissivo, de Gonçalves Viana, 1913
Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, Academia das Ciências de Lisboa, 1940
Vocabulário da Língua Portuguesa, de Rebelo Gonçalves, 1966

**Vocabulário Ortográfico do Português, ed. Portal da Língua Portuguesa
Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, coord. de João Malaca Casteleiro (Porto Editora, na Infopédia )
Vocabulário Ortográfica da Língua Portuguesa, da Academia da Ciências de Lisboa (em linha, 2018)
Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, da Academia Brasileira de Letras: 

Também se encontra a indicação de que o x de "sintaxe" se pronuncia [s] no Manual de Língua Portuguesa, de Paul Teyssier (Coimbra Editora, 1989, p. 59) .

A pronúncia de sintaxe está descrita com [s]  também no livro Fonética do Português Europeu, de António Emiliano (Guimarães Editores, 2009, p. 106), sendo este vocábulo associado a palavras como aproximar, reflexão,  máximo e próximo.

Finalmente, refira-se que no Acordo Ortográfico de 1945 (Documento n.º 2 : Bases Analíticas do Acordo Ortográfico de 1945 – 6) já se fazia referência à pronúncia de sintaxe, distinguindo a pronúncia da sua origem etimológica: «sintáctico, como sintaxe (x=ss, mas etimologicamente cs)» 

Carla Marques/Carlos Rocha