Pergunta:
Sabendo de antemão que o uso do infinitivo é um terreno pantanoso que requer cuidado para trilhar, atrevo-me a concordar com a posição da consulente Inês Pantaleão, em 17/5/2022.
Em primeiro lugar, não creio que a frase apresentada por ela seja o caso típico de orações com sujeitos diferentes, a exemplo de «O professor mudou o método de ensino para os alunos aprenderem melhor».
A referida oração («os antibióticos perderam eficácia devido à capacidade que as bactérias têm de lhes resistirem...») é um pouco diferente, devendo-se verificar a necessidade de flexão do infinitivo no âmbito somente da oração subordinada («as bactérias têm a capacidade de resistir aos antibióticos»). Para que flexioná-lo, se o sujeito é o mesmo?
É frase semelhante a estas: «Todos tinham receio de enfrentar o tirano», «Nós vivemos da esperança de ver um mundo mais justo», «Não cobiçavam a glória de ficar em posição de destaque».
Outras de estrutura diferente, mas com sujeito único, também não exigem flexão do infinitivo: "Eles quiseram estar presentes à cerimônia", "Esperamos construir a casa em seis meses".
Nesse caso, vale a máxima de "Por que dizer com muito aquilo que pode ser dito com pouco?".
Resposta:
Note-se que a resposta dada aqui não foi apresentada como um caso normativo inequívoco, pois, como refere o consulente, os usos associados ao infinitivo nem sempre são claros ou únicos. A formulação da resposta poderá, eventualmente, não ter sido suficientemente clara.
Por vezes, o recurso ao infinitivo flexionado permite desfazer qualquer ambiguidade que a frase possa conter ou simplesmente enfatizar o sujeito da frase / oração.
Como a frase apresentada pela consulente envolve um conjunto de relações sintáticas mais complexas, o infinitivo pode contribuir para esclarecer a rede sintático-semântica.
Assim, devemos considerar o sujeito da oração subordinante (antibióticos), o nome capacidade, o pronome relativo que (que retoma capacidade) e o nome bactérias. Dentro da oração relativa, bactérias é o sujeito o verbo ter, mas é o nome capacidade que rege a oração subordinada infinitiva, como se observa na oração reconstruída:
(1) «As bactérias têm a capacidade de resistir(em) aos antibióticos.»
Como se afirmou, neste contexto, é legítimo recorrer ao infinitivo não flexionado (dito impessoal), mas também é possível recorrer ao infinitivo flexionado, que permitirá ajudar ao processamento da informação da frase, apontando como sujeito do verbo no infinito o nome bactérias e não, por absurdo, o complemento do verbo ter (neste caso, capacidade).
Disponha sempre!