A forma mais corrente é Assafora, cujo uso parece ter-se generalizado e estabilizado na escrita.

Contudo, a sibilante de nomes comuns originários do árabe, como é o caso, são geralmente escritas em meio de palavra com c antes de e ou i (cf. ceifa, acicate) ou ç antes de a, o ou u (açoteia", açucar, açafate).

Este princípio deveria aplicar-se aos topónimos de origem árabe, e, de facto, há formas que se registaram de acordo com este critério como Açafarge (Coimbra) e Açumar (Monforte, Portalegre); contudo, o uso consagrou as grafias com ss, e hoje, mesmo oficialmente, escreve-se Assafarge e Assumar. Parece ser esta a situação também de Assafora, que deveria escrever-se Açafora, grafia, aliás, registada por José Pedro Machado no seu Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa.

Quanto à génese do topónimo, tudo aponta para a origem ou transmissão árabes, muito embora se discuta a etimologia precisa. Assim, o historiador Oliveira Marques (Nova História de Portugal, vol. II, Lisboa, Editorial Presença, 1993, p. 139) propôs que o topónimo teria evoluído do nome de uma tribo ou grupo berbere chamado Sadfura. José Pedro Machado (op. cit.) sugere que o topónimo venha de as-sa'orâ, «o forno».

No entanto, o topónimo valenciano La Safor (Vall de Gallinera, Gandía) é também capaz de dar uma pista para o esclarecimento de Assafora. Com efeito, atribui-se La Safor ao árabe ṣukhūr (penhascos), plural correspondente ao coletivo sakhra ("penhascos, fraguedo"; cf. Robert Pocklington, "Lexemas toponímicos andalusíes I", Alhadra, 2, 2016, p. 299). Poderá, pois, supor-se que Assafora tem a mesma proveniência e se refira a um aspeto proeminente da paisagem onde se desenvolveu a localidade portuguesa assim chamada.

Em suma, o topónimo escreve-se de duas formas. Uma é mais corrente – Assafora –, mas a outra – Açafora – revela-se mais coerente do ponto de vista histórico.