As duas frases apresentadas estão corretas, isto é, é possível que o pronome do complemento direto da oração subordinada de infinitivo («em... explicar») surja antes (próclise) ou depois (ênclise) do verbo.
De acordo com a Gramática do Português (Fundação Calouste Gulbenkian, p. 2280), na perseptiva do português europeu, «tipicamente, as orações infinitivas simples introduzidas por preposição admitem quer a colocação enclítica quer a colocação proclítica dos pronomes átonos». Só as preposições a e com «ficam fora do padrão de variação», a estas associando-se sempre a ênclise.
Deste modo, e atendendo ao exemplo apresentado, podemos ter «tive dificuldade em a explicar»/«tive dificuldade em explicá-la». Da mesma forma, são frases corretas: «ele tem intenção de me provocar»/«ele tem intenção de provocar-me»; «acabaram por se instalar à mesa»/«acabaram por instalar-se à mesa»; «vim para te ajudar»/«vim para ajudar-te»; e «sem a olhar, sorri»/«sem olhá-la, sorri». O mesmo sucede se a oração for negativa: «para não o magoar, calei-me»/«para não magoá-lo, calei-me».
Por seu lado, frases como «ao me lembrar dele, sorri» ou «não ficámos contente com o reprovar» são agramaticais, sendo o correto «ao lembrar-me dele, sorri» e «não ficámos contentes com reprová-lo».