A palavra manipular significa «preparar manuseando; dar forma, feição; tocar, segurar ou transportar com as mãos» e «pôr em funcionamento; utilizar, manejar (esp[ecialmente] com perícia); acionar» («ao m[anipular] a serra elétrica, tenha muito cuidado»). Numa derivação por analogia, quer dizer «influenciar (indivíduo, coletividade), conseguindo que se comporte de uma dada maneira, para servir a interesses outros que não os seus próprios» e, por extensão de sentido, «provocar alteração em; tornar falso; adulterar, falsear» («m[anipular] a pontuação dos candidatos»). Em farmacologia, manipular é «misturar manualmente (os componentes de fórmulas farmacêuticas); condir, confeiçoar, preparar» e, em fisioquímica, «controlar (sistema, situação), direcionando intencionalmente o seu desenvolvimento».
O verbo manipular vem do «fr[ancês] manipuler (1765), "manejar uma substância ou um instrumento para fins científicos ou técnicos", (1842) "exercer influência sobre alguém"; c[on]f[ronte] lat[im] med[ie]v[al] manipŭlo,as,āvi, ātum,āre, "conduzir pela mão"».
[Fonte: Dicionário Eletrônico Houaiss]