A pergunta diz respeito a palavras que têm tido largo uso na religião e na filosofia, o que deixa calcular que a sua dimensão enciclopédica excede grandemente a sua semântica. Quando se pede que se defina a «divisão conceptual», a resposta terá de ser necessariamente de âmbito filosófico e não linguístico, que é o domínio preferencial da atividade do Ciberdúvidas.
Assim, apoiando-me no Dicionário Houaiss, vou apenas citar os aspetos etimológicos dos vocábulos alma e espírito, os quais podem de fato estar relacionados com o uso metafórico de palavras que significaram, em dada fase histórica, «ar», «movimento», «vida». A palavra ânimo também será referida.
Alma e ânimo
Segundo o Dicionário Houaiss, a palavra alma tem origem no «lat[im] anĭma, ae, "sopro, ar; alento, o princípio da vida; a alma, por oposição ao corpo", segundo [Antenor] Nasc[entes], através da f[orma] *alima, vulgarismo esp[anhol] ant[igo]».
No verbete correspondente ao radical anim(i/o)- lê-se ainda que se trata de:
«antepositivo, do lat[im] anĭma, ae (equiv[valente] semântico do gr[ego] psukhê), "sopro, ar", depois "sopro de vida, alma"; anĭmus,i, "princípio espiritual da vida intelectual do homem" (correspondente ao gr[ego] thumós), opõe-se a corpus e a anĭma; anĭmus (masc[ulino]) é o princípio superior, e anĭma (fem[inino]) é submissa a ele; na época imperial, anĭmus é substituído por spirĭtus (= gr[ego] pneûma), não passando, assim, às línguas român[icas], que registram anĭma: rom[e]n[o] inimă, it[liano] ant[igo] alma, friul[ano] ant[igo] amna, friul[ano] anime, engad[inês] orma, fr[ncês] ant[igo] arme, fr[ancês] âme, prov[en]ç[al] anma, prov[en]ç[al] [e] cat[alão] arma, esp[anhol e] port[uguês] alma [...].»1
Espírito
«lat. spirĭtus, us, "sopro, exalação, sopro vital, espírito, alma", ligado ao v[erbo] lat[ino] spirāre, "soprar, respirar"; esprito, espírito foi, segundo [Antenor] Nascentes, o nome que os antigos químicos deram aos produtos de destilação, por sua primitiva volatilidade, conservado até hoje em "espírito de vinho".»
Em suma, quer alma quer espírito remontam a palavras latinas que sobretudo veiculavam a noção de «ar, sopro». Para aprofundamento da etimologia das palavras latinas aqui abordadas, ver A. Ernout e A. Meillet, Dictionnaire Étymologique de la Langue Latine (Paris, Librairie Klincksieck, 1967).
1 Em romeno, inimă significa geralmente «coração», embora também possa ter a aceção de «alma», dependendo do contexto e mormente em expressões idiomáticas; suflet é o mesmo que alma e cord, o mesmo que coração, anatomicamente falando (informação de Luciano Eduardo de Oliveira; cf. também dicionários de romeno disponíveis no "site" Lexilogos).