De acordo com o Dicionário Gramatical de Verbos Portugueses (Texto Editora, 2007)1, ao verbo denominar, no sentido de «chamar», pode, realmente, associar-se um grupo preposicional introduzido pela preposição de e desempenhando a função de predicativo do complemento direto:
(1) «O armador denominou a nau de "Ulisses"».
No exemplo (1) temos uma frase na voz ativa em que a preposição de introduz o predicativo do complemento direto «de "Ulisses"».
No entanto, em vez de começar um predicativo do complemento direto, a preposição de pode introduzir um predicativo do sujeito no uso de denominar na voz passiva:
(2) «A nau foi denominada de "Ulisses" pelo armador.»
Note-se ainda que, na Nova Gramática do Português Contemporâneo, de Celso Cunha e Lindley Cintra, apesar de não se incluir denominar na lista de verbos presentes na secção «Regência verbal» (pág. 512), regista-se chamar, sinónimo do verbo em questão. Este caso valida o anteriormente exposto: se chamar tem regência construída pela preposição de – «chamava-lhe sempre de miúdo» –, então, o mesmo ocorre com denominar.
1 O Dicionário Prático de Regência Verbal, de Celso Pedro Luft, atesta também o a associação do verbo denominar ao grupo preposicional introduzido pela preposição de.
Nota: Respostas anteriores (ver Textos Relacionados) parecem contrariar a informação dos dois dicionários de verbos consultados, mas é de assinalar que, nessas respostas, não se descarta a possibilidade de uso da preposição. Dado que, a respeito de «chamar de», o parecer de Maria Regina Rocha não é desfavorável, não se vê aqui razão para considerar «denominar alguém/alguma coisa de» como construção incorreta: «O navio foi denominado "Ulisses" pelo armador» e «Chamava-lhe sempre miúdo».